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目前科學家尚未找出孤獨癥的確切病因，一般認為與下列因素有關:遺傳基因、大腦的結構異常和環境因素。
孤獨癥與基因相關。
首先，孤獨癥的成因與遺傳有關，一個包括192對雙胞胎參與的研究發現。同卵雙胞胎和異卵雙胞胎相比，更有可能患有孤獨癥，也就是說在同卵雙胞胎中擁有大量的相同基因，如果一方有孤獨癥，那么另一方患有孤獨癥的幾率大約為77%。值得注意點是這種情況下還有30%的情況沒有被解釋，意味著孤獨中除了受遺傳因素的影響之外，還受其他因素的影響。
孤獨癥也大腦結構異常有關。
在肯納醫生早期的描述中，被觀察的11位孩子中有5孩子的大腦周長呈現異常，一些出生時大腦周長屬于正常的孩子。在6-14個月時間里大腦變大，這種情況持續到2歲左右，Z終被診斷為孤獨癥，這種異?，F象可能是過多的大腦神經元，以及不正常的神經元鏈接所造成的，因此孤獨癥是“早期大腦異常生長所導致的”。孤獨癥對大腦的影響不局限于單一的部分多個腦區均可受累，例如，額葉，顳葉，小腦扁桃體。機能性磁共振成像研究證明，孤獨癥患者在解決問題，視覺，推理方面所利用的大腦位置不同于常人。
孤獨癥與環境風險因素有關。
有關孤獨癥與基因相互聯系的研究一直在進行著。研究表明，父親的年齡越大，孩子患有孤獨癥的可能性也就越大。一些化學元素可導致學習障礙和發育障礙。飲食因素，也是研究的領域之一，包含研究維生素、葉酸對孤獨癥的影響。有關傳染病，疫苗，壓力等因素與孤獨癥關系的研究也在進行。值得注意的是，上述研究還處于初級階段，一些相關研究的結果不能準確的判定這些因素與孤獨癥的必要關系一部分孤獨癥患者在患友。
一部分孤獨癥患者在患有孤獨癥的同時，也經歷著其他障礙。例如，恐懼癥，強迫癥，注意缺陷多動障礙，焦慮癥或者生理方面的困擾，例如睡眠，消化系統異常過敏現象，這些現象進一步證明孤獨癥的復雜性。
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